Evitar listados en Apache

Existen varias maneras, la principal y la que mas nos interesa es la que debemos de evitar en nuestro virtual host, en mi caso está en /etc/apache2/sites-enabled.

Debemos buscar la línea que dice algo así:

Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride None
bla bla bla


Podemos eliminar la opcioon Indexes solo borrandola. También esta esta otra manera, no listar ciertos tipos de archivos, así que debajo de Options Indexes FollowSymLinks debemos de poner algo así:
IndexIgnore *.php *.html *.htm

Eso evitara que se listen los archivos con esas extensiones.

Y para evitar listar cualquier archivo:
IndexIgnore *

Como recomendación es no subir del todo la opción, entre menos servicios arriba y módulos mejor.